La lutte contre les agents pathogènes du sol
Les semences et les jeunes plants ont à craindre des agents pathogènes du sol, comme le Fusarium, le Pythium, le Rhizoctonia et le Phytophthora. De nombreux agents pathogènes forment des structures de survie adaptées à des conditions difficiles pouvant survivre pendant des années et rester présents dans les sols.
Les micro-organismes peuvent utiliser différents modes d'action pour protéger la plante, par exemple la résistance induite, la compétition ou l'antibiose.Résistance induite
La résistance induite est un état de capacité défensive accrue, la plante est déjà préparée à une éventuelle attaque des pathogènes du sol, ce qui lui permet de réagir plus rapidement. Il existe deux types différents de résistance induite, la résistance systémique induite (RSI) et la résistance systémique acquise (RSA). La RSI agit par la voie de signalisation de l'acide jasmonique et la RAS par la voie de l'acide salicylique.
Compétition
L'espace et les nutriments font, tous deux, partie de la compétition entre les micro-organismes bénéfiques et les pathogènes du sol. Lorsque les micro-organismes bénéfiques colonisent la surface des racines, il n'y a plus de place pour l'installation des pathogènes. Si le micro-organisme bénéfique est établi à un stade précoce, il peut également entrer en compétition pour les nutriments, ce qui rend la survie des pathogènes encore plus difficile. C'est là que l'application de micro-organismes sur les semences peut jouer un rôle important, nous y reviendrons dans des articles ultérieurs.
La concurrence est rude entre les micro-organismes bénéfiques et les pathogènes du sol.
Antibiose
L'antibiose est une interaction entre deux ou plusieurs organismes qui est néfaste pour au moins l'un d'entre eux. Les micro-organismes produisent une grande variété de métabolites aux fonctions très diverses, dont certains ont un effet antimicrobien. Par exemple, le champignon Penicillium sécrète une substance nocive (antibiotique) qui empêche la vie des autres micro-organismes qui l'entourent.
Microbes intéressant
Au sein de l'espèce fongique Trichoderma, plusieurs espèces telles que T. harzianum, T. asperullum, T. viride montrent des propriétés biofongicides à travers différents mécanismes comme l'antibiose et la compétition.
Plusieurs espèces de la bactérie Bacillus ont été identifiées comme ayant des propriétés biofongicides, comme B. subtilis et B. amyloliquefaciens. D'autres microbes présentant une activité contre les pathogènes du sol sont par exemple Pseudomonas et Streptomyces.
(Les genèses microbiennes susmentionnées sont toutes constituées d'une grande variété d'espèces et de souches. Les effets bénéfiques précis de ces microbes dépendent de l'espèce et de la souche spécifiques qui sont utilisées).
